Il lituano è una lingua ad accento mobile: esso può cadere su qualunque sillaba di una parola. Se la sillaba accentata consiste in una vocale lunga o in un dittongo, l'accento ha una caratteristica in più: l'intonazione.
Nel lituano esistono due tipi di intonazione: discendente e ascendente. Vi è intonazione discendente quando l'accento cade sulla prima parte della vocale lunga o del dittongo, ascendente quando cade sulla seconda parte. Si provi a confrontare il dittongo au nelle parole italiane "Làura" e "paùra" e si avrà un'idea di un accento rispettivamente discendente e ascendente. Analogamente, una vocale lunga può essere accentata all'inizio o alla fine.
Nella scrittura, il lituano fa uso di tre tipi di accenti grafici, gli stessi del greco antico: acuto, grave e tilde. Tali accenti non vengono di norma segnati, tranne che nelle grammatiche e nei dizionari. In una parola gli accenti variano nel corso della declinazione e coniugazione, secondo le classi di accento.
L'accento acuto indica intonazione discendente. Si usa sulle vocali lunghe e sul primo elemento dei dittonghi puri.
La tilde indica intonazione ascendente. La troviamo sulle vocali lunghe e sul secondo elemento di tutti i dittonghi, compresi i dittonghi misti in l m n r.
L'accento grave non indica alcuna intonazione. Lo troviamo sulle vocali brevi e sul primo elemento dei dittonghi misti con vocali i ed u.
L'intonazione in lituano è distintiva di significato, distinguendo parole altrimenti uguali. Nelle trascrizioni in alfabeto fonetico, il piccolo segno sotto una delle due vocali del dittongo indica qualle delle due vocali non è accentata (la l accentata diventa ovviamente apice sillabico e viene a pronunciarsi come la l del cèco "vlk" o la l finale dell'inglese "little").
